W latach 2009-11 Tomasz Kafarski był trenerem grającej w Ekstraklasie Lechii Gdańsk. Wcześniej był asystentem kolejno Tomasz Borkowskiego, Dariusza Kubickiego i Jacka Zielińskiego.
Ogółem "Kafar" prowadził Lechię w blisko 100 ligowych meczach, pod tym względem dopiero niedawno przegonił go Piotr Stokowiec.
Po Lechii trener prowadził kolejno Cracovię, Flotę Świnoujście, Olimpię Grudziądz, Bytovię, Górnika Łęczna i ostatnio Sandecję Nowy Sącz.
W ubiegły czwartek Tomasz Kafarski zadebiutował w roli eksperta TVP Sport, komentując mecz kwalifikacji Ligi Europy między Piastem Gliwice, a austriackim TSV Hartbertg. Po zaciętym meczu gliwiczanie wygrali 3-2 i uzyskali awans do III rundy kwalifikacji. Równie dobrze w roli komentatora poszło Kafarskiemu, na szczęśliwym dla niego stadionie w Gliwicach. To tu utrzymał się z Lechią w lidze w ostatnim meczu sezonu 2008/9 po wygranej 2-0 z Piastem. Tak po latach opisywał ten dzień w rozmowie z LechiaHistoria:
- – Po meczu z Piastem czułem się tak, jak już nigdy potem się nie czułem. Tam wygraliśmy coś naprawdę. Można było podsumować tamten sezon jako udany. Tamto uczucie ciężko opisać słowami. Wiedziałem, że to może być początek pracy w klubie ekstraklasy, w klubie, który był zawsze moim wymarzonym.
Całość wywiadu z Tomaszem Kafarskim