W czerwcu 2016 r. ówczesny trener Lechii Piotr Nowak tak mówił o likwidacji drużyny rezerw:
- Pojawiły się różne głosy o słuszności tej decyzji. Prawda jest taka, że gra w III-ligowych rezerwach dla piłkarzy, którzy nie mieścili się w pierwszym składzie, nie była żadnym wyzwaniem. Razem ze Sławkiem Wojciechowskim, Jarosławem Bieniukiem [pełnomocnik zarządu ds. sportowych] oraz prezesem Mandziarą doszliśmy do wniosku, że lepiej będzie jeśli skupimy się na Centralnej Lidze Juniorów. Chcemy wygrać te rozgrywki. Jesteśmy w stanie zdobyć mistrzostwo. Byłby to duży prestiż dla klubu i potwierdzenie sensu pracy z młodzieżą.
Wypowiedź Nowaka o likwidacji rezerw
Juniorzy Lechii Centralnej Ligi Juniorów nie zwojowali. W sezonie 2016/17 zajęli 7. miejsce. W kolejnym sezonie mieli za zadanie zająć miejsca 1-6, gdyż te gwarantowały udział w kolejnym sezonie w rozgrywkach CLJ (już bez podział na grupy wschodnia i zachodnia). W sobotę lechiści przegrali z Wartą Poznań 1:2 i na trzy kolejki przed końcem rozgrywek tracą 8 punktów do szóstego miejsca.
W sezonie 2017/18 na boiskach ekstraklasy wystąpił tylko jeden junior (poza Adamem Chrzanowski) Mateusz Żukowski z symboliczną minutą przeciwko Sandecji.
27. Kolejka Centralnej Ligi Juniorów Starszych, Grupa Zachodnia (U-19)
Warta Poznań - Lechia Gdańsk 2:1 (0:1)
Bramka dla Lechii: Dawid Wasilewski
Lechia (skład wyjściowy): Leszczyński - Kobryń, Zaręba, Lisiecki, Brzozowski - Kaczorowski, Wasilewski, Sopoćko, Zezula, Włodarczyk, Rynkowski
W meczowej osiemnastce znaleźli się także: Chomicz - Rycewicz, Szukiełowicz, Kuźniarski, Trochowski
Trenerzy: Tomasz Unton, Paweł Pęczak i Piotr Opuszewicz